روایت شده که رسول خدا نخستین بار، هنگام انجام حج، زیر درختی در این مکان فرود آمد که در سالهای بعد در آن محل مسجدی ساخته شد. آن حضرت در این مسجد به سمت ستون وسط نماز می خوانده است و این همان مکان درختی بود که ایشان قبلاً کنار آن نماز می گذارده است.
 
وقتی با اتوبوسهای کاروان به ذوالحلیفه می رسم زائرانی از سراسر دنیا را می بینم که سفیدپوش شده اند و همه و همه برای ورود به دیار دوست لحظه شمار می‌کردند.

اینجا دیگر پولدار و فقر نمی‌شناسید، سفید و سیاه ندارد، فرقی نمی‌کند شیعه باشید یا سنی و ...؛ همه یکی هستند و یک مسیر را می‌پیمایند و یک مطلب را می‌گویند:" لبیک،اللهم لبیک، لبیک لا شریک لک لبیک، ان الحمد و النعمة لک و الملک، لاشریک لک لبیک." به باور مسلمانان، تحقق وعدهٔ خدایی برای گام نهادن در بارگاه خدایی، ضرورتاً از مسجد شجره آغاز می شود. 
 
در حیات مسجد شجره، زائران مسلمان از رنگها و نژادها و مذاهب مختلف هستند که لباس‌های احرام برتن کرده‌اند. ایرانی‌ها هم هستند. نگاهم که به آنان می‌افتد، دو چیز توجه من را جلب می‌کند؛ سفیدپوشی و لبیک‌‌گفتن آنان.گویی صحرای محشر به پا شده است
 
 
سراغ یکی از زایرینم میروم تو حال خودش است شاید دارد لحظات عمری را مرور می‌کند که سپری کرده است تا به چنین روزی برسد و در مسجد شجره لباس احرام بپوشد. پرسیدم حاج آقا چند سال دارید؟ گفت: 82 ساله هستم. گفتم: چه احساسی دارد؟ اشک دور چشمانش پر شد و گفت: نمی دانم چه بگویم. در عمرم چنین روزی را تاکنون ندیده  وتجربه نکرده بودم .
در لابه لای زائران آقا و خانم مسن، البته زایرین جوان هم خوشبختانه حضور دارند که همگی با دلشوره عجیبی در پی انندکه با دقت محرم شوند زیرا که معلوم نیست دگر بار توفیق حضور درچنین مکان مقدسی را پیدا نمایند .خانمهای کاروان هم علامت مخصوص کاروان 17905 تهران را پشت چادرهای احرام دوخته اند تا بعد از نماز مغرب وعشا وهنگام خروج بهتر شناسایی شوند  وبدون معطلی با اتو بوسها به سمت مکه مکرمه عز یمت نمایند اینجا زمان خیلی ارزش دارد

اطلاعاتی مختصر ازمسجد شجره
 
"زین الدین الاستدار" در سال 961 ه. ق بنای مسجد را باز سازی و اطراف آن دیواری بزرگ کشید که تا پایان دوره عثمانی همچنان پا برجا بود. وی مأذنه گوشه شمال غربی آن را نیز بازسازی کرد و به جهت اینکه مکان محراب اصلی مشخص نبود، محراب دیگری در وسط دیوار قبله قرار داد که شاید مکان اصلی محراب باشد. وی پله هایی نیز در سه جهت برای مسجد ساخت تا از ورود چهارپایان به داخل جلوگیری شود.
 
طول این مسجد از جنوب تا شمال 25 متر از شرق به غرب نیز به همین مقدار بوده است. در سالهای اخیر این مسجد به طرز بسیار زیبایی بازسازی شده  است.

البته باید اشاره کرد که مسجد شجره یکی از مساجد بسیار مهم خارج از مدینه بوده و به عنوان یکی از میقاتها و مساجد احرام از اهمیت بسزایی برخوردار است. کسانی که قصد ورود به مکّه معظمه و بیت الله الحرام را دارند چه ساکن و چه مسافر باشند، بدون بستن احرام حق ورود به این شهر را ندارند. نقاطی که حجاج در آن محرم می شوند، میقات گویند.

در همین حال، مسجد شجره به نامهای دیگری چون  مسجد ذوالحلیفه و ابار علی وابیار علی علیه السلام نیز مشهور است.
 مسجد ذوالحُلیفه: حُلَیفه نام آبی بین ‹‹بنی جشم بن بکر›› از قبیله هوازن و بنی خفاجه العقیلین›› بوده که رسول خدا دوست داشت برای بستن احرام کنار درختی دراین محل فرود آید.
 
ابیار علی علیه السلام: از آن جهت به آن ابیار علی گفته اند که حضرت علی علیه السلام برای آبیاری نخلستانها، چاههای فراوانی در این منطقه حفر کرده و ابیار نیز اسم جمع بئر یعنی چاه است.
 
آخرین وضعیت مسجد شجره
 
 این مسجد در 12 کیلومتری مسجدالنبی قرار دارد و مساحت کل آن، بیش از 226 هزار متر مربع است.
 
مسجد شجره دارای 512 حمام جدا، 566 حمام و دستشویی است . ظرفیت مسجدشجره برای نماز خواندن هم 5 هزار نفر است، ضمن اینکه مناره ان مسجد 64 متر ارتفاع دارد.رسول خدا ازاین میقات سه مرتبه جهت زیارت بیت الله الحرام محرم گردیده اند